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Get standard data structure

Source: R/convert_tmc_format.R
convert_tmc_format.Rd

Convert a Tata Medical Center Kolkata India (TMC) based excel workbook into a standard format for analysis

Convert a maintenance therapy excel workbook (with individual sheets per cycle) into a single csv file with longitudinal data of blood count parameters, absolute doses and dose intensities of administered drugs.

Usage

convert_tmc_format(
  inputpath_to_excelfolder,
  exportpath_to_csvfolder,
  daily_mp_dose = 60,
  weekly_mtx_dose = 20
)

Arguments

inputpath_to_excelfolder

Path to folder containing input excel files (in quotes)

exportpath_to_csvfolder

Path to folder in which to save final output csv files (in quotes)

daily_mp_dose

numeric value of DAILY 6-Mercaptopurine dose per \(1m^{2}\) (\(mg/m^{2}\)) as per the MT dosing protocol. Default = \(60mg/m^{2}\) (as per ICiCLe-ALL-14 protocol)

weekly_mtx_dose

numeric value of WEEKLY absolute Methotrexate dose per \(1m^{2}\) (\(mg/m^{2}\)) as per the MT dosing protocol. Default = \(20mg/m^{2}\) (as per ICiCLe-ALL-14 protocol)

Value

Folder with converted csv files

See also

convert_external_format()

Examples

# \donttest{
# As per ICiCLe-ALL-14 protocol (Reference PMID - 35101099):
path_to_excel = paste0(system.file("extdata/tmc_data/", package = "allMT"), "/")
save_path = paste0(tempdir(),"/")
convert_tmc_format(inputpath_to_excelfolder = path_to_excel,
                   exportpath_to_csvfolder = save_path,
                   daily_mp_dose = 60,
                   weekly_mtx_dose = 20)
#> NOTE: Using following values for 6-MP and MTX doses:
#>  daily_mp_dose = 60 weekly_mtx_dose = 20
#> Reading UPN_914.xls
#> New names:
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#> • `` -> `...14`
#> Writing UPN_918.csv
#> Format switch complete
#> Quitting
#> Bye Bye: Did you know that there is a planet entierly made of diamonds :)?


# As per ICiCLe-ALL-14 protocol (Reference PMID - 35101099):
convert_tmc_format(inputpath_to_excelfolder = path_to_excel,
                   exportpath_to_csvfolder = save_path)
#> NOTE: Using following values for 6-MP and MTX doses:
#>  daily_mp_dose = 60 weekly_mtx_dose = 20
#> Reading UPN_914.xls
#> New names:
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#> Format switch complete
#> Quitting
#> Bye Bye: Did you know that there is a planet entierly made of diamonds :)?

# As per BFM protocol (Reference PMID - 15902295):
convert_tmc_format(inputpath_to_excelfolder = path_to_excel,
                   exportpath_to_csvfolder = save_path,
                   daily_mp_dose = 50,
                   weekly_mtx_dose = 20)
#> NOTE: Using following values for 6-MP and MTX doses:
#>  daily_mp_dose = 50 weekly_mtx_dose = 20
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#> Format switch complete
#> Quitting
#> Bye Bye: Did you know that there is a planet entierly made of diamonds :)?

# As per St Jude protocol (Reference PMID - 15902295):
convert_tmc_format(inputpath_to_excelfolder = path_to_excel,
                   exportpath_to_csvfolder = save_path,
                   daily_mp_dose = 75,
                   weekly_mtx_dose = 40)
#> NOTE: Using following values for 6-MP and MTX doses:
#>  daily_mp_dose = 75 weekly_mtx_dose = 40
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